23 ноября 2016 года он дебютировал за первую команду Луиса Энрике. Он сделал это в матче Лиги Чемпионов против Селтика в Глазго и который завершился со счетом 2-0 победу в пользу блауграны.

Бразильский защитник дебютировал в Ла Лиге за первую команду в сезоне 2016/17, в матче против Лас Пальмаса. Марлон сыграл все 90 минут в той игре, а аткже в финальном матче чемпионата на Камп Ноу против Эйбар.

После своего дебюта в первом дивизионе, Марлон вернулся в состав Барсы Б, чтобы сыграть в последних четырех играх чемпионата и плей-офф, в котором команда Жерара Лопеса обеспечила себе место во втором дивизионе на следующий сезон. ФК Барселона решил реализовать свое право на покупку игрока и Марлон присоединились к первой команде на сезон 2017/18.