Тем не менее, прежде чем вернуться в столицу Каталонии, Кройфф набрал большой опыт в качестве тренера. Он дебютировал в Аяксе, другой из двух команд, где был игроком и тренером. Он выиграл с командой Кубок Голландии в 1986 году, а затем год спустя выиграл Кубок Кубков. В Голландии его хвалили за атакующей футбол, в который его команда играла, а также его похвальную работу как скаута, он обнаружил такие таланты, например Марко ван Бастен и Деннис Бергкамп.

С Барсой Кройфф начал работу с полностью реконструированным составом после скандала предыдущего сезона. Его предшественником был Карлес Рексач, который уже был в клубе в течение сезона. Кройфф сразу привил Барсе свой привлекательный футбольный стиль и результаты не заставили себя долго ждать. А самое главное в такой стиль играла не только основная команда, но и молодежные, что позволило им попадание в главную команду. Без сомнения, такое углубленное укрепление команды было одним из тех успехов, которые лучше всего объясняют, почему Кройфф имел такой огромный успех.

Но восемь лет , что он возглавлял клуб, который провел с командой, не были без своих трудностей для Йохана. Не следует забывать, что 27 января 1991 года, он был подвергнут операции на открытом сердце , которая была непосредственно связана с его многолетним курением. Операция стала переломным моментом. С тех пор, команда начинаоа играть все лучше и лучшее из года в год, вплоть до того, долгожданного момента, когда наконец выиграла столь желанный Кубок Европейских Чемпионов на величественном стадионе Уэмбли. Команда, которая выиграл четыре подряд лиги стала известна, как «Dream Team», а ее захватывающий стиль завоевал поклонников по всему миру. Та команда, помимо лучшего трио иностранцев в мире (Стоичков, Лаудруп и Куман, а затем и Ромарио), также имела сильное ядро испанцев, сформированное из басков и каталонцев (Бакеро, Бегеристаин, Салинас, Гвардиола, Феррер, Серхи и т.д.), которые составили твердый блок наряду с другими великими игроками, такими как Амор, Надаль и Эйсебио.

Тем не менее, у голландца два последних сезона в клубе были менее успешными, за это время Барса ничего не выиграла. В результате его общественных разногласий с президентом Хосепом Луисом Нуньесом, Кройфф покинул клуб через заднюю дверь. И только после ряда судебных споров, клуб и голландец пришли к соглашению, чтобы организовать два эмоциональных торжества на Камп Ноу и Амстердам Арене.

Еще ни один тренер в истории Клуба не выигрывал столько титулов, как Йохан Кроифф. 1 Кубок Европейских Чемпионов, 1 Кубок Кубков, 4 Чемпионата Испании, 1 Кубок Испании, 1 Суперкубок Европы и 3 Суперкубка Испании.